Le suivi de la faune et flore planctonique est assurée par le LAPHY (Laboratoire d'Analyses des Prélèvements Hydrobiologiques), participant au programme ERMMA. Un suivi du zooplancton a été initié en 2000 aux abords du gouf de Capbreton. La priorité est mise sur le groupe taxonomique des Cladocères. En effet, ce groupe possède des espèces aux préférences thermiques différentes. Ainsi, ces espèces sont utilisées comme indicatrice de changements océano-climatiques.
Une étude publiée expose les résultats du programme ERMMA au sujet de la réponse des cladocères face aux changements à court-terme dans les eaux de surface. Les données récoltées ont ainsi pu montrer des modifications parmi certaines des espèces étudiées, avec notamment une saisonnalité moins marquée depuis une trentaine d’année.
Le programme ERMMA a également effectué des veilles écologiques sur des phénomènes planctoniques tels que les blooms de de dinophysis (phytoplancton) avec l'IFREMER, ou la prolifération du Liga localement. Le Liga est un mucilage marin présent dans les eaux du littoral basque composé principalement de polypes d’hydrozoaires et de diatomées. Son pouvoir agglutinant le transforme en piège en éléments marins (phytoplancton, zooplancton) et continentaux (bactéries fécales, débris végétaux). L'une des problématique du Liga est sa fixation sur les filets de pêche qu'il colmate, ainsi que son caractère urticant pour l'homme qui proviendrait de la présence de cnidaires dans sa composition.
