Le suivi en mer des populations de cétacés est mutualisé avec celui des oiseaux marins. Ce protocole standardisé a été mis en place en 1976 en partenariat avec le Muséum National d'Histoire Naturelle grâce aux moyens nautiques des Douanes Françaises, des Affaires Maritimes, de la Marine Nationale et de la Gendarmerie Maritime. Chaque mois, deux observateurs embarquent sur les navires des Garde-Côtes afin d'identifier, dénombrer et géolocaliser les cétacés du sud du Golfe de Gascogne selon une méthodologie de line transect.
Les suivis menés dans le cadre de l'ERMMA ont ainsi permis la définition et la mise en place d'Aires Marines Protégées dans le Golfe de Gascogne pour protéger les 25 espèces de cétacés qui fréquentent la région. Les données acquises servent à élaborer des calendriers de présence et des cartes de répartition qui nous renseignent sur les évolutions spatio-temporelles de ces espèces mobiles. Les travaux de l'ERMMA permettent le développement des programmes de recherche sur les causes principales de l'évolution des populations par le croisement de données pluridisciplinaires (suivi de l'abondance des cétacés en mer, condition météorologiques et océano-climatiques, évolution des stocks de poissons...).
Au travers de ses partenaires, l'ERMMA récupère également les données sur les échouages de l'ancienne région Aquitaine, issues du Réseau National d'Echouages, piloté par PELAGIS afin de réaliser des études pluridisciplinaires.
Ce suivi mensuel accumule près de 50 ans de données et apporte des informations sur l’évolution des populations de cétacés fréquentant les eaux de Nouvelle-Aquitaine. Les résultats ont par exemple permis la définition d’Aires Marines Protégées. Le croisement des données pluridisciplinaires permet de contribuer à la connaissance des principales causes de l’évolution des peuplements, par exemple l’impact des changements climatiques ou bien les liens entre les abondances en mer, les échouages et les pêcheries, l'implantation d'énergies marines renouvelables, etc.
Exemples de publications scientifiques basées sur les recherches du programme ERMMA sur les mammifères marins